现代的锦鲤一词，出现在第二次世界大战之后，之前的观赏鲤鱼名称经过了金鲤、锦鲤、色鲤、花鲤、模样鲤等五个阶段，前两个阶段出现在中国，后三个阶段出现在日本。虽然，在中国拥有最早的观赏鲤鱼和对锦鲤的最早定名权，但现代锦鲤的确起源于日本。



　　据考证，鲤的原始种在日本诸岛并没有自然分布，现在世界公认的鲤的两个亚种，一种是产于欧亚大陆西部的Cyprinus carpio carpio,一种是产于中国的Cyprinus carpio haematopterus。在没有人为引种之前，鲤鱼只分布于欧亚大陆。中国的鲤鱼化石可以追溯到20万年以前，就最新的DNA研究，现代锦鲤（除与德国鲤杂交的品种外）全部由亚洲的Cyprinus carpio haematopterus演化而来，也就是说，日本锦鲤的三个祖先：铁真鲤、泥真鲤和浅黄真鲤同出于Cyprinus carpio haematopterus的后代。中国的黄河鲤鱼很可能就是这些品种的直系祖先。

　　在公元200年左右日本的弥生时代，作为以鱼米之乡为主食的日本民族来说，鲤鱼是一种极好的蛋白质来源。它容易饲养，能大量繁殖，生长速度快，而且不用冒着危险出海捕捞，因此，一经引入便开始广泛饲养。当饲养的锦鲤生长到30厘米左右时，稻农将它们捕捞上来用盐腌制，在持续几个月漫长的冬天里，腌鲤鱼是当地最好的美味之一。日本越后地方，即今日新泻县的山野地带，称为小千古的地方，离海很远，冬季深雪断绝交通。有人提议利用灌溉用的贮水池塘来饲养鲤鱼，这样就开始有鲜美的鱼肉供应，不至于食无鱼，其后当地久旱而无水，就把鲤鱼移放到盐谷的千龙池，虽然距村较远，但扔可以使鱼不至于绝种。不久就有人提议，利用屋内空地开池饲养，这样在冬季下雪时便可平安度过。这样饲养成功后，不知不觉间，部分鲤鱼发生了变异，鱼体出现绯色或浅黄色，这就是锦鲤最早的突变个体。

　　由于当时生物知识还没有得到普及，人们对与自然个体不同的生物都感到十分神秘，所以它最早被称为“神鱼”，后来又有称“变种鲤”、“色鲤”、“花鲤鱼”、“模样鲤”。


　　早期的锦鲤只是腹部有橘红色斑纹，这些斑纹逐渐发展到鲤鱼的背部、尾部和头部，出现了樱鲤（身上有如樱花瓣一样的红色纹路）和钵绯（头部红色的个体），锦鲤的身体也越来越白，这类鱼被称为“更纱”，是当时锦鲤的主流发展方向。从1870年开始，人们把身上有花纹的鲤鱼称为“模样鲤”或“柄物”（G ara-mono）。对没有花纹的鲤鱼称为“无地物”（Muji-mono）或“素色”。到了1889年，兰木五助培育出了“五助更纱”，也就是红白锦鲤的原种，这标志着日本锦鲤真正诞生了。


　　冬季积雪非常厚，正是川端康成的小说《雪国》中所描绘的景象

　　“锦鲤”这个名字在1867年后就开始有人使用，到了1914年的日本大正博览会上，锦鲤已经出现了黄写、白写、大正三色、阿部鲤、三色、红白等6个品种，此时锦鲤一词还与花鲤、模样鲤、越后变种鲤等一起穿插使用。到了第二次世界大战结束（1945年）后，日本人认为“锦”字能代表美丽还能代表日本人刚毅的精神，从此不再使用花鲤、变种鲤等名称，现代锦鲤的名称才被统一，锦鲤也成为日本的国鱼。

　　日本人把锦鲤看成是艺术品，将其称为水中“活的宝石”。1938年在美国旧金山万国博览会上，日本特地选送了100尾锦鲤参展，从而第一次向世界公开展示了日本锦鲤的美姿。为把锦鲤推向世界，日本成立了“爱鳞会”，并于1968年12月在东京举办了第一届全日本锦鲤品评会，以后每年举行一次，由日本政府总理大臣亲自颁奖。时至今天，日本锦鲤的品种已达100多个。